伝説によると、五百余年前の享徳二年（1453年）頃、一人のきこりが家に帰る途中に小高い丘（現在の湯倉神社のあたり）で一休みをしていたところ、沼沢地で湯気が立っているのを発見し、近づいて手を入れてみると湧き湯でした。その後、きこりが病気になり腕の関節の痛みがひどくなったとき、湧き湯のことを思い出し、湯治をしたところ、程なくして病気が治りました。そこで、きこりはそのお礼にと薬師如来を刻み、小さな祠（ほこら）を建てて安置したのが、湯倉神社の起源であり、今日の湯の川温泉の始まりであります。
　以上は言い伝えですが、享保二年（1717年）松前藩調べによると「建立百年位」との記述があり、元和三年（1617年）には湯座に薬師如来を祀っていたとされています。又、明らかな事実及び現存する社宝によって明確な由緒があります。松前藩第九代藩主高広が、幼少時千勝丸といったとき、承応二年（1653年）に重い病気になり、医者や薬の甲斐もなく日に日に悪くなるばかりでしたが、ある夜、母・清涼院が夢で「松前の東に当たって、不思議に病に効く温泉がある。そこへ行けばどんな病でも治る」という神のお告げを受けました。早速、家来を向かわせたところ温泉を発見し、千勝丸を湯治させると間もなく全快したとのことでした。翌年の承応三年（1654年）に清涼院は、そのお礼にと社殿を改造し、知内産の砂金で五寸四分（約16センチメートル）の薬師如来像を安置し、直径六寸三分（約19センチメートル）の鰐口を奉納しました。以来、この地域に暮らす人々に「心の拠り所」として永く崇敬され、明治九年（1876年）に「村社」に列格され、昭和十六年（1941年）には現在の社殿が造営されて御神徳は益々高揚し、街の発展と共に現在に至っております。