据传说，在五百多年以前的享德二年(一四五三年)，有一个樵夫在回家途中经过一个小山丘(现在的汤仓神社附近)，在那儿休息时发现从沼泽地里冒出了热气，他走过去用手摸了一下，竟然是涌出的泉水。从那以后，每当樵夫有病、手腕关节疼痛剧烈时，他便想起那温泉并去热泡治疗，没过多久他的病就好了。樵夫为表达感谢之情，于是便雕刻了一座药师如来像，还修建了一座小祠堂，把药师如来像安置在里面。这就是汤仓神社的起源，也是现在的汤川温泉的开始。
以上虽是传说，但在享保二年(一七一七年)松前蕃的调查中确有「建立一百年左右」的记载，元和三年(一六一七年)在汤座(像小祠堂似的地方)就已经祭祀着药师如来像了。此外，根据显见的事实以及现存的社宝(神社珍贵文物)来看也可以证明它有明确的起源。松前蕃第九代蕃主高广还在名叫千胜丸的幼年时代，承应二年(一六五三年)得了重病，就医用药都不管用，病情一天不如一天。一天夜里，母亲清凉院在梦中受到了神的启示：「在松前东边有一个可以治病的不可思议的温泉，如果去那儿洗温泉的话，任何病都可以治好。」于是马上派家臣前去查看并发现了温泉。千胜丸洗过温泉后没过多久，他的病就痊愈了。第二年承应四年(一六五四年)，清凉院为表达感谢之情，改造了社殿，用知内产的砂金安置了一座五寸四分(约十六公分)的药师如来像，还供奉了一个直径六寸三分(约十九公分)的鳄口(参拜时摇动给神听的钟)。从此以后，当地居民们把这里作为「心中寄托之处」一直万分崇敬。在明治九年(一八七六年)这里升格为「村社」，到了昭和十六年(一九四一年)被营造成现在的社殿，神德(神的功德·恩惠)日益兴旺，伴随着当地的发展延续至今。